Susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sragen berdasarkan PMA nomor 19 Tahun 2019 terdiri atas:
a. Subbagian Tata Usaha;
b. Seksi Pendidikan Madrasah;
c. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;
d. Seksi Pendidikan Agama Islam;
e. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;
f. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
g. Penyelenggara Zakat dan Wakaf; dan
h. Kelompok Jabatan Fungsional.
