Susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Sragen berdasarkan PMA nomor 19 Tahun 2019 terdiri atas:

a. Subbagian Tata Usaha;

b. Seksi Pendidikan Madrasah;

c. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren;

d. Seksi Pendidikan Agama Islam;

e. Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah;

f. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;

g. Penyelenggara Zakat dan Wakaf; dan

h. Kelompok Jabatan Fungsional.